PCT指定国は全指定で

PCT出願を行う際、特許事務所から出願人へ、指定国の「全指定」or「日本除外」の希望を聞かれることがあるかと思いますので、その点について書いてみます（全指定は、「日本を指定国に含む」や、「自己指定」とも言われます）。
PCT出願の指定国は、みなし全指定制度により、何もしないと「全指定」になります。

実務的にはほとんどの場合「全指定」で手続きを進めますが、「日本を指定除外」することもできます。

日本を指定除外するメリットはほとんどないので、通常は「全指定」で進めることがほとんどです。
ぐぐるとこの辺の議論をした記事がいくつか出てきます。

日本へのPCT国内移行の代理人費用が高い場合は、日本除外の方が費用的に有利という見方もあります。SKは1万円なので全指定が有利です。他の事務所はわかりませんが、日本の手続きは簡単なのでそんなに高くは請求しないのではないでしょうか。期限管理はしないといけないですが。

また、バイオ、医薬分野では、優先権主張出願をして特許の存続期間を実質1年延ばすことが重要だったりしますが、そうすると、仮に「日本を指定除外」しても別途、国内優先権出願をすることになり、その分の代理人費用が発生すると思います。
そのため、この点からも「全指定」でOKということになります。